此外，国子监也与翰林院相接近。置祭酒1人（从四品），司业1人（正六品）。其下设绳愆厅，以监丞1人（正八品）掌执学规；博士厅，有《五经》博士5人（从八品）分经讲授，助教15人（从八品），学正10人（正九品），分率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为士子肆业之所，这是明代所特设的；典簿厅，有典簿1人（从八品）；典籍厅，有典籍1人（从九品；掌馔厅，设掌馔2人（未入品）。
首先，地方行政长官本身就是多重职能的统一，这样就使其在处理地方事务中，自然而然的会站在“父母官”的立场与自我认识上，由此造成的弊端（特别是非主观造成的不公正）有目共睹。其次，在明清时代的民间法律关系中，调解与诉讼是被中外法律史研究者们讨论最多的，本文也将以引用国外及国内的学者们一些观点的方式来阐明笔者的观点，诉讼与调解在明清地方社会中各自所具有的显著特征及“差异”（其实本文的观点是两者没有什么差别），正是由于强大的家长意识所致。
1、地方官员——行政与司法的统一明代的地方官署的建制，基本上是省、府（州）、县三级制，某些时期也曾有过省、州二级制和省、府、州、县四级制，但属于临时之制。此外，作为基层政权的里甲制虽非官吏建制，但里甲在封建官吏官僚体制中有着不可或缺的职能，所以也予以论述。
首先是省。明代的省是从元代的行省制度演变而成的。明初设行省统驭郡县，洪武九年（公元1376年）改行省为承宣布政使司。全国除南北直隶外，分为十三布政司，亦十三省。明代布政司的长官是布政使、提刑按察使和都指挥使。三司向为常设机构。明代中后期逐步形成总督巡抚率三司的制度，督抚由最初的差官变成地方最高长官。其中，总督辖区常常超过一省，巡抚则限于一省之内，常常有一省不止有一个巡抚的情况。
明代总督起初系因事临时设置，具有监察考核地方官吏的职权，名称也不固定，有“总督”、“总理”、“提督”、“经略”、“总制”等。总督往往以都御史充任，最初具有以文臣监督武臣的性质，“国初兵事专任武臣，后曾以文臣监督，文臣重者曰总督，此曰巡抚”，以后职权不断扩大，包括军务、民政、盐政、河道、漕运、农桑等，所管辖的地区也由边关扩大到内地，从一省扩大到数省，崇祯年间有管辖五省或七省的总督，尊称督师。
巡抚作为各省最高军政长官，设有巡抚衙门，其职权为抚循地方、考察属吏、提督军务。明代巡抚制度的形成适应了强化中央集权的政治需要和整肃兵备防御外寇的需要，对于省三司职权加以统一调节，改变了三司并立的权力结构。巡抚具有一省最高权力，但却没有形成“地方割据势力”，不能成为独立的政治力量，其原因在于：明朝皇权空前强大，巡按御史作为中央对地方的监察官员制约着巡抚的职权，而各省镇守、三司也不是巡抚的法定属吏。自永乐年间全国十三省设立镇守总兵，宣德以降各地设镇守太监，镇守总兵和镇守太监制约着巡抚。不仅如此，朝廷对巡抚的推举、考核、黜陟、改调、纠劾等控制很严，内阁、兵部、吏部都能指令巡抚。因此，明代的巡抚身为封疆大臣，但只能紧紧依附于中央政权，充当中央和省级政权之间的中介。
明代省级政权由布政使司、提刑按察使司和都指挥使司组成三司分掌行政、司法和军事。布政使司俗称藩台或方伯，为一省行政长官。左右布政使各一人，从二品；左右参政，从三品；左右参议，从四品，均无定员。其下设有经历司、照磨所、理问所、司狱司、仓库使、杂造局、宝泉司、织染局、军器局等部门。
按察使司设按察使一人，正三品；副使正四品，佥视正五品，均无定员。其下有经历司经历、照磨所照磨、司狱司司狱等属吏。按察使掌一省之司法，并负责整觞吏治政风，大事与布、都二司会商，报呈抚按，听命于刑部、都察院。按察司副使、佥事分巡各道，举凡有关兵备、提学、抚民、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军等均可过问。都指挥使司是一省的军事长官，“掌一方之军政，各率其卫所，以隶于五府而听命于兵部。”（《明经世文编。守令定例疏》）都指挥使为正二品，官品高于布、按二使，凡有三司联名公文，序衔均在二司之上。
府是省以下的行政单位，直隶于布政使司。南京应天府和北京顺天府，直隶于朝廷。各省所属之府自明初改元代的路时即设置。宣德三年（公元1428年），废除交趾布政司后，全国共有一百五十九府。知府僚佐有同知，正五品；通判，正六品；均无定员。推官一人，正七品。知府属吏有经历、知事、照磨、检校、司狱各一人。府下设有吏、户、礼、兵、刑、工六房。知府掌一府之政，举凡狱讼、赋役、教化、考察属吏、仓库、河防诸事，都由知府负责。县是明代的第三级行政区划。明初分县为三等，“粮十万石以下为上县，知县从六品；六万石
以下为中县，知县正七品；三万石以下为下县，知县从七品。已并为正七品。”（《明史。职官志》）全国共有一千一百七十一个县。知县掌一县的刑名钱谷等事，狱讼、治安、征收赋税等均须亲自过问。下设县丞一人，正八品；主簿一人，正九品；还有典史一人。县丞称职者可以升任知县，县丞以下属吏非经特许不得升任知县。
里甲是明代的基层行政单位，以自然村为单位，一百一十户为一里，一里十甲，每甲十户。每里推举丁粮多者十人为里长，每人轮流担任一年，十年一周转。每甲以丁粮多少为顺序，每户在十年中轮流担任一年甲首。城市相应的组织称之为坊，近郊区相应的组织称为厢。里长的行政管理职责是：管理和约束里内人户，检查督促生产，调处本里的民事诉讼和轻微犯罪，催征钱粮等。
明代基层行政组织中具有半公职人员性质的是“老人”，亦即里老。里老由乡民推举，州县政府任命，其职责在明太祖洪武三年颁布的《教民榜文》中作了明确规定。里老主持本乡本里的民事审理和轻微刑事案件审理，凡属婚姻、田土、盗窃、子孙违反教令，以及犯奸、作伪、人命案不愿告官，愿在乡里解决的，可以在申明亭会审，里甲长、粮长参加，里老可以做出裁决，进行调解。
中央：
1．三公三孤
三公指太师、太傅、太保（正一品），三孤指少师、少傅、少保（从一品），另有太子太师、太子太傅、太子太保（从一品）；太子少师、太子少傅、太子少保（正二品），这些均为加官，用来表明受官者的功绩与崇高身份，没有实际权利。
2．六部
吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，六部各设尚书一人，直接对皇帝负责，尚书之下有左右侍郎（副部长）、郎中（司长）、主事等。
吏部：负责官吏的管理，考核，升迁等
户部：有十三个司，分别管理各地的收支与报销
礼部：主管国家凶吉大典，教育与考试，招待外宾，宴劳功臣等
兵部：管理天下军政（军令由五军都督府管理）
刑部：管理天下刑名
工部：管理建筑、后勤、水利、制造等。
3．督察院
直属于皇帝的监察部门，下设正二品左右都御史、正三品左右副都御史、正四品左右佥都御史，再往下设十三道监察御史，分管每个省的检查工作（明时全国分十三省）。
4．六科
分为吏、户、礼、兵、刑、工六科，每科设正七品都给事中、从七品左右给事中与给事中。
给事中品级虽低，权力却极大，皇帝交给各个衙门办理的工作由六科每五天注销一次，如果有脱拉或者办事不力的，六科可以向皇帝报告。六科还可以参与官员的拔擢、参加御前会议、审理有罪的官员，最为重要的是六科有封还皇帝敕书的权力，即如果对皇帝的旨意认为不妥，可以退回，不予执行。六科给事中与十三道监察御史统称“科道”，属于言官范畴。
5．五寺
五寺是五衙门的简称，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等
大理寺：相当于今天的法院，是全国最高审判机关，与督察院、刑部构成了著名的“三法司”