泰山郡起义军在首领臧霸的率领下突袭琅邪国莒县，大败琅琊国国相萧建，获得大量辎重。臧霸便派人来通知吕布，说愿意将这些东西献给吕布，不过要让吕布自己来取。吕布不听部将高顺的谏言，前往莒县，准备接收。谁知到了莒县城外，臧霸闭门固守，使吕布白跑一趟，无获而还。
高顺为人清白有威严，寡言少语。手下兵士七百余人，号令整齐，每战必克，号为“陷陈营”但因时常劝谏，不为吕布所喜。后来吕布竟将这支‘陷陈营’从高顺名下划到其亲信魏续名下。对此，高顺也终无恨意，继续对吕布尽忠。
夏天，议郎王誧来到江东，带来朝廷诏书，封孙策为骑都尉、会稽太守，并继承其父爵位乌程侯。孙策又提出自己想受封一个将军称号以自重，王誧当场便以汉献帝的名义，又封孙策为明汉将军。当然，受封这么多官爵，孙策也是要尽义务的，那就是与吕布、吴郡太守陈瑀一起，为朝廷讨伐胆敢擅自称帝的袁术。
于是孙策就率兵来到吴郡钱唐县。可这时，本应是盟友的陈瑀却准备先来一场窝里斗，秘密联络祖郎、严白虎等人，准备把孙策干掉。不幸阴谋泄漏，孙策先下手为强，派吕范、徐逸二人率兵攻打在广陵郡海西县的陈瑀。陈瑀兵败，单骑投奔袁绍而去。
汉明帝的玄孙、陈王刘宠勇猛善射，陈国国相骆俊素有威恩。当年黄巾起义时，刘宠治兵自守，国人不敢离叛，邻郡之人也多归之，有众十余万。如今刘宠再次在阳夏县举起保境自立的大旗，自称辅汉大将军。袁术向陈国征粮，被骆俊严词拒绝。恼羞成怒的袁术竟派刺客将陈宠、骆俊二人刺杀，陈国由此破败。
9月，曹操亲征袁术。袁术弃军渡淮而逃，只留下桥蕤、李丰、梁纲、乐就等部将驻守于蕲县以拒曹军。结果被曹操大败，桥蕤等将全部被杀。
曹操回军途中，一叫许褚的壮士前来投奔。许褚勇力绝人。在乱世中聚起同龄少年及宗族数千家，坚壁以御外寇。名扬淮、汝、陈、梁等地。正逢典韦被张绣所杀，如今有武力不输于典韦的‘虎痴’许褚前来投奔，曹操大喜“此吾樊哙也”当场封许褚为都尉，引入宿卫。随许褚一起前来投奔的那些少年、侠客，统统编为虎士。
前太尉杨彪因与袁术有婚姻关系（杨彪之子杨修是袁术之甥）被曹操诬陷欲图废立之事，以大逆之罪下狱。孔融知道此事后，连朝服也来不及穿，便跑来见曹操“杨公四世清德，海内瞻仰。且父子兄弟之罪不相及，怎能将袁氏之罪加诸杨氏呢”曹操命满宠审理杨彪案件，孔融又与荀彧一起去见满宠，警告他不可对杨彪用刑。但满宠没听，依旧考讯杨彪，杨彪当然是宁死不招。满宠便来见曹操道“杨彪受刑，却没任何招供。此人名闻海内，若以莫须有定罪，必大失民望”曹操立即醒悟，下令赦杨彪出狱。杨彪经此牢狱之灾，已将‘汉室衰微，政在曹氏’这一现象看得清楚，于是以脚疾为名，远离朝堂斗争，终得免祸。在‘知进退’这点上绝对要比他那个惊才绝艳的儿子杨修好得太多。同时，荀彧、孔融二人也因此事对满宠刮目相看，彼此成为好友。
9月，三年前，因被袁术所逼，自觉失节，呕血而死的马日磾棺椁送至许都。因其生前担任三公之上的太傅官职，朝廷便准备以太傅之礼为其发丧。孔融反对“上公之尊，持节之使，却曲媚奸臣。不宜加礼”最终汉献帝刘协同意了孔融的意见。
而与马日磾相比，八个月前因拒绝袁术称帝而被杀害的金尚的棺椁送至许都时，刘协下令百官前去吊祭，又封金尚之子金玮为郎中。
本年，淮南大饥。为解决军队饥荒，韩暹、杨奉在徐、扬二州之间大肆劫掠。11月，他们又来见吕布，表示他们要离开徐州前往荆州。但吕布不准。杨奉便提出可联合刘备，干掉吕布。刘备佯为许诺，特请杨奉来小沛具体商议此事。然后在席间设伏，将杨奉杀死。杨奉死后，韩暹孤立无援，率十余骑逃归并州，被抒秋令张宣所杀。另外，当时与韩、杨二人一起奉帝东归的还有胡才、李乐二人。不过因与韩、杨不和，他们没有一路护送刘协前往洛阳，而是留在了河东郡。最后，胡才被仇家所杀、李乐病死。而挑起长安之乱的两个罪魁祸首、董卓的部将：郭汜则被其部将伍习所杀。只剩下李傕一人在关中苟延着最后半年的生命…
曹操淯水之败后，南阳郡诸县再次落入张绣手中。曹操曾命曹洪前去征讨过，但数次都被张绣、刘表所败。曹洪驻扎叶县，进退两难。11月，曹操不得不亲自上阵，亲征张绣。第一战便攻下了湖阳县，生擒刘表的部将邓济。第二战攻下舞阴县。
198年1月，曹操回到许县。3月，曹操不听荀攸让张绣与刘表急则相救、缓则相攻的建议，第三次亲征张绣。将张绣所在的穰城团团包围。
4月，谒者仆射裴茂奉朝廷之诏，督率段煨等关中诸将讨伐李傕，李傕三族皆被杀。立功后的段煨被封为安南将军、乡侯。
袁绍屡次写信给曹操，说许县埤湿、洛阳残破，建议迁都到自己的根据地邺城，却被曹操拒绝。田丰就建议袁绍趁曹操此次南征张绣的机会，以武力攻打许都，奉迎天子。但袁绍没有采纳。
虽然如此，当曹操从袁绍亡卒嘴里听到田丰对袁绍有这个建议时，仍然不敢怠慢。急忙放弃围攻穰城，回军许县。张绣在后追击。5月，刘表的部队也到达安众县，准备与张绣前后夹击，消灭曹操。可就在这绝境之中，曹操却看到了胜机。他写信给荀彧“安众县，便将是我大破张绣之地”
曹军撤到安众县时，面对前后受敌的困境，曹操下令在夜间凿险，作伪遁之状。暗中却埋伏精兵，只等刘表与张绣的军队进入伏击圈，便大破敌军。
此战中，鬼才军师贾诩再次显示出了他高人一等的眼光。当初张绣要追击曹操时，贾诩极力反对“不可。追之必败”张绣不听，结果就被曹操设伏打得大败。这时，贾诩突然又对张绣道“追吧！这次必定大胜”张绣本已丧失信心，是在贾诩的一再要求下，才半信半疑的集合败兵，再去追击，这次果然大胜。要不是一个叫李通的人正好在此时率军前来投奔曹操，顶下了张绣的追击，曹操恐怕也很难安全撤回许都。回到穰城后的张绣立即召见贾诩“我以精兵去追曹操的退军，你说我必败；我又以败兵去追曹操的胜军，你又说我必胜。而且事实果然如你所料的一样。你究竟从何料着的啊”贾诩道“这个不难。将军虽善用兵，比曹操却仍稍逊一筹。曹操这么急着撤兵，必定是因他后方出事了。但为防我军追击，曹操必会以精兵断后。这样我军必败。但曹操一旦得胜，他急着赶回去，必不会防备我军会有第二次追击。这样我军必胜”张绣为之叹服。
7月，曹操回到许都。荀彧来问曹操“两个月前，您断定自己能在安众大破张绣，是凭什么断定的”曹操道“我军已被置之死地，自然会死战。我又设下了伏兵，岂有不胜之理”
7月，吕布再次与袁术交通，并派高顺、张辽两员大将前去攻打刘备。曹操接到刘备的求援后，便派出夏侯惇率兵前去救援，却被高顺击败(此战中，夏侯惇的左目被流矢射中，夏侯惇拔矢啖睛，是为历史上有名的一幕)9月，高顺攻破小沛，刘备单骑而逃，家小再次落入吕布手中。接着，臧霸、孙观、吴敦、尹礼、昌豨等泰山郡起义军纷纷归附吕布，吕布实力大增。
消息传到许都，曹操采纳荀攸的意见，准备亲征吕布。此时，刘备已逃到梁地。与前来亲征的曹操顺利会合，一起杀向彭城国。
10月，曹操攻下彭城国，生擒国相侯谐，并下令屠城。随后，以广陵太守陈登所率郡兵为先驱，曹操大军一路杀至吕布所在的下邳国。吕布屡次出击，皆大败，骁将成廉被俘。从此，吕布退守城中，不敢再出。
将下邳城围住之后，曹操便使出了攻心计，写信劝降吕布。吕布本来欲降，但遭陈宫反对“曹操远来，势不能久。将军可出屯于外，我守城于内。彼此相救。不出旬月，等曹军粮草吃光，自会退去。到时我们再出击，定可大胜”吕布也觉得此计可行，当场便决定由陈宫与高顺守城，自己带精兵出城，去断曹军的粮道。
可此事被吕布之妻严氏知道后，立即表示反对“陈宫、高顺二人素来不和。你一出城，二人必不能同心守城。万一有什么差池，该怎么办？且陈宫曾受曹操重用，他照样背叛曹操而投了将军。如今你对陈宫未必能有当年曹操对他更好，现在却要把妾等一家老小和全城百姓都托付给他，自己却孤军远出，就不怕生变吗”
吕布听了爱妻之言，便决定死守城池不出。同时命属官许汜、王楷出城去向袁术求救。袁术道“吕布不嫁女儿给我儿子，且还曾大败我军。如今反要我去救他吗”许汜、王楷急忙答道“那都是被陈氏父子所误。如今大王与吕布是唇齿相依。吕布若被曹操所破，大王恐亦不免呢”袁术道“既如此，叫吕布把女儿送来，我自当发兵救他”
吕布听得两人的回报后也是无奈。便于一半夜，用绵裹住自己女儿的身体，缚在马上，亲自杀出城去。但却被曹兵用乱箭射回。
河内太守张杨与吕布关系向来不错，吕布还曾数度投奔过张杨。如今听说吕布在下邳城被曹操围攻，张杨倒是想救，怎奈有心无力。只能出兵东市，遥为声援。却不想为此竟导致内部生变。11月，张杨的部将杨丑杀死张杨，想投奔曹操，却马上又被另一个叫眭固的将领杀死。眭固率领着张杨的余部，屯驻在河内郡的射犬，北通袁绍。只不过对于吕布，自然也就不再支持了。
此时，曹操已将下邳城围了一个多月，久攻不下，士卒疲敝，也有归意。荀攸、郭嘉二人力谏不可，并建议曹操将沂、泗二水掘开，以灌下邳城。
在这样的情况下，吕布手下有几员将领自然心中产生了些别样的想法。反正你吕布跟过丁原、董卓、王允，号称三姓家奴。从长安逃出来后，又投奔过袁术、张杨、袁绍、刘备，那我们改换一次门庭，应该也是无可厚非的吧？
有一个叫侯成的部将先是失去名马数匹，后又幸得取回。诸将为此纷纷携酒肉前来道贺。侯成也将这些酒肉分献给吕布。谁知竟引发吕布大怒“你难道不知我已颁布了禁酒令吗？给我推出去斩了”最后在众将的求告下，才免于死罪，改为杖责。为此，侯成当然怀恨在心。
12月24日，侯成、宋宪、魏续等将便在城中率众作乱，将陈宫、高顺二人绑了后，开城出降。吕布闻变，急忙率众登上白门楼，只见楼下已全是曹军，走投无路的吕布便对左右道“你们拿着我的首级去见曹操，邀功领赏去吧”左右不忍，皆劝吕布下楼投降。
吕布也只能投降了，他被押着来见曹操。一见曹操，吕布就道“如今我已心服。往后吕布率骑兵，明公率步兵。吕布愿助明公平定天下”又对刘备道“玄德公可还记得辕门射戟之事吗？如今你为坐上客，我是阶下囚。只求你替我求一求情”曹操便转向刘备问道“公意如何”刘备答道“明公可还记得丁原、董卓之事吗”只此一句，曹操顿时颔首称是，吕布则在一旁破口大骂“大耳儿最无信义，令人可恨”(刘备此言绝对有借刀杀人的嫌疑。他也是有野心，要夺天下之人。万一真如吕布所说，这天下都被吕布帮助曹操平定了，那自己还混什么？)