此时王凝之的部队已经到达了武夷山，旋即发起进攻，所谓的进攻也不过是沿着山间小道缓慢且充满警惕的往孙恩的老巢推进，甚至直到入夜，除了几个陷阱，他们连半个人都没有遇见，由于时间紧迫，且战机如此，入夜之后他们也没有停下，而是打起火把继续向孙恩的老巢推进，如果能够一举捣毁孙恩的老巢，杭州的损失是可以接受的，因为孙恩看似势大，但是他最大的依仗仍然是武夷山的险山恶水，若是失去了武夷山，孙恩即便占领了杭州也仍然无法立足，但是这仅仅只是一个预期，王凝之也意识到，这个计划绝对不会那么顺利，孙恩能在杭州势均力敌的较量中胜出，绝对不是泛泛之辈，果然，在通过一处山坳的时候，他们遭遇了伏击，七千人的大军被山上滚落的巨石截成数断，并且匪军站在山上向山下扔着石头，山势太过陡峭，想要攻上去是不可能的，只能在山谷坚守，但是幸运的是，他们在山下只是遭遇了小规模的偷袭，且匪军的偷袭一闪而逝，占到甜头之后立即隐遁，匪军一方损失为零，而官军一方仅此一役就损失了上千人，绝大多数的伤亡来自山上的落石，无奈之下，王凝之只能下令停下防守，好在官军的阵型相对密集，没有牵成一条长龙，防守阵型完成之后，匪军的偷袭停止了，但是山上还是偶尔有落石砸下，但是这仅仅是干扰他们休息的手段而已，第二天早晨，马文才和马敏正分兵去收拢残部，马文才带了五十名亲兵冲过了匪军的粮道去了杭州北面，王凝之和他的部队一晚上都没有睡着，但是第二天仍然硬着头皮向孙恩的老巢挺进，中午时分，当他们路过又一处山坳的时候，同样的难题摆在他们面前，山壁太过陡峭，爬上去是不可能的，但是强行通过遭到伏击的概率几乎是百分之百，孙恩绝对不会放着这么好的地形不用，但是大军想要绕着这里就意味着要多花至少半天的时间，而且就算穿过这里，按照现在的速度，想要到达孙恩的老巢至少还有一天的路程。
需要冒的风险跟收益明显不成正比。正待王凝之犹豫不决之时，两边山头上突然人影攒动，旌旗林立，现在不用怀疑了，这里确实有伏兵，然后两方人马就在这里对峙了下来，此时王凝之心中已有退意，虽然早有耳闻，但是亲身降临才知世人所说的险山恶水究竟有多难，这次事起匆忙，己方准备显然不足，以致于现在拿站在山顶的山贼毫无办法，这个距离和高度，强弩都射不上去，屋漏偏逢连夜雨，后方有人来报，会稽城内多处失火，公家差役屡遭截杀，会稽人心已然不稳，王凝之只能长叹一声，下令撤军，但是山头上的人见王凝之撤军，也松了一口气，实际上，从这里直到孙恩的老巢，只有他们这里山头上的千余人而已，昨夜设伏的也是他们，他们同样两天两夜没有合眼，身心俱疲，而且他们中有一半还是在杭州被攻陷之后立马被孙恩派回来协助防守的，就在王凝之撤军的时候，孙恩也从杭州撤军了，三天的时间，杭州城内的大部分钱粮都被转运到了城外，与王凝之相比，从北方而来的张翰和另外几支从南北两面进入杭州地区的部队都没有受到丝毫阻拦，一路上只是发现了不少探马和哨兵，一次袭击都没有遇到过，王家的府兵和张翰的部队合兵之后进入了没有丝毫防备的杭州城，杭州城内，除了红门大户被几乎拆了个干净，民房几乎纹丝未动，大街上也看不到几个人影，有人出现在大街上也跑得很快，看见官军到了也一样，没有人敢靠近，一番商议之后，张翰以敌情不明为由建议固守杭州城，其余的将领也没有提出反对意见，因为现在他们对现在杭州的情况完全摸不着头绪，要不是现在杭州城内紧张的气氛，和那些几乎被拆成了废墟的豪门，甚至都看不出来杭州发生过战争，最后他们来到了太守府，在太守府的残垣废墟上驻扎了下来，经过一个下午的侦查，杭州城附近的情况大部分摸清楚了，杭州的东面废弃了很多马车，而且在那段路的东段发生过一场战斗，城南和城北的战斗还在持续，杭州西面，孙恩的大军还未完全退去在杭州城头上再架一个高脚楼甚至还能看见孙恩的军事部署，傍晚时分，马敏正被探马带进了杭州城，即将入夜之时，马文才也被带进了杭州，从他们口中得知了杭州之前的战况之后，带领王家府兵的王坦之主张马上进攻，趁孙恩的部队没有撤远，利用骑兵的优势在平原上展开一场围歼战，但是张翰却陷入了沉思，很显然，这次战役充分证明孙恩手下有一支并不次于，甚至强于朝廷正规军的部队，部队规模约有七八千人，这跟之前得到的情报悬殊不大，因为青龙白虎，朱雀玄武四个大堂每个大堂都号称两千人，加起来正好八千，孙恩上前天晚上就夺下了杭州城，这意味着他掌握了三天时间的主动，这段时间里，据马文才他们所说，孙恩一直有大批部队在防守转运通道，然后想把杭州城内的这么多豪门大族搬空显然也需要不少的人手，再加上运输，和前期的损耗，这个人数总量跟战前的情报已经完全对不上了，战前孙恩的部队就被击溃了一万余人，南北两面的部队孙恩也一直没有收拢，防守转运通道至少需要三千人，搬空城内的钱粮至少需要四千人，据马敏正所说，杭州城内的光粮食就有五十万石。
而现在所有的粮食均已被搬空，杭州城距离孙恩的大本营有八十多公里，换算过来就是一百七十里的直线距离，实际的道路总长约有两百里，因为这里是平原，岔路弯路不多，但是三天内运输这么多粮食到武夷山至少需要两万人，这样算起来，孙恩一方的土匪难道有五万人？
这太夸张了吧，这还仅仅只是全局的担忧，直接的威胁是孙恩在这三天的时间里在往西的平原上设置的重重关隘，平原上很难阻止骑兵机动，但是水田和灌木林对于骑兵部队的迟滞还是很明显的，张翰见识过林青山一路走过便是步步杀机的本事，对于有着三天充足准备的孙恩也丝毫不敢大意，所以张翰建议先清扫还未完全平定的南部和北部地区，等解决两边的威胁之后再集中精力对付西面孙恩主力，张翰的方案得到了马家父子的赞同，因为他们已经领教过孙恩的厉害，如今局势好不容易稳定下来，如果得到了张翰和王坦之的两部精兵支援再败一阵，那马敏之这个杭州太守就可以换人了，因为马敏正镇不住孙恩，必须换一个手段过硬的人来守住这块朝廷的重要赋税来源地，比如说林青山，经过一个晚上的休整，王坦之和马文才分别带手下的两千人马去清缴杭州的南北两面，马敏正和张翰留守杭州，