自三教弟子被圣人召回后，三族之间也暂时消停下来，巫妖二族舔着战败的伤口，而人族也发生了大的变化。
圣皇伏羲在时局稳定后，一边修养生息，恢复人族实力，一边推演自身大道，终于凭借在洛水旁得到的河图洛书，完善了自身道果，创出先天八卦演算大道，从而广传人族，教族人趋利避害之法，最终功德圆满，传位炎帝神农后，进入洞天之首——火云洞，一边潜修，一边护持人族。
炎帝继位，人称地皇，沿用伏羲的政策，继续与民休息，时人族因战乱，伤患极多，又因救治不得法，处置不得法，时常爆发疫病。伏羲在时，生活不易，能够存活已是幸事，疫病反而事小，而到神农继位，随着人族生活得以改善，疫病对人族的发展影响日趋加深，最终成为抑制人族发展的重要问题，也是人族首要解决的问题。
为了解决疫病，神农不得不将手中的政务交给能力很强的黄帝轩辕执掌，而自己踏上了尝百草的道路上。
在神农开启尝百草的道路时，位于西方的白帝太昊担心巫妖二族再次卷土重来，于是上请神农批准，聚集人族修士，成立了人族天庭，用以威慑巫妖二族，保护人族领地。
太昊根本不知道天庭的含义，只是在三族大战后，无意间发现了上古妖庭遗址，见此地亭台楼阁林立，先天灵气充盈，又无巫妖二族驻留，十分适合人族生存，若非此处远在九天之上，太昊成立的天庭也就不只是人族修士了。
然后事情并不会因为太昊的无知而有所改变，在太昊成立天庭之时，洪荒中所有的大神通者都有所感应。圣人们感慨之余，再次督促门下弟子修行，巫族惊讶的同时，一边暗笑人族的无知，一边也在嘲讽妖族的无能。
而妖族在得到消息后，妖族大神个个面色铁青，神色狰狞。太昊占据妖族祖地，建立人族的天庭，却是在赤裸裸的打妖族的脸，虽然三族大战以人族的胜利告终，可是巫妖二族并不服人族，若不是三教弟子相助，人族早已被他们绞杀殆尽。
群妖汹汹，妖气弥天，一时间洪荒再次变得风声鹤唳，人族也再次准备起来，防止妖族再起战端。不过大战刚过不久，人族又有了如伏羲一般的大神通修士，即便妖族表现的如何强硬，但是大战还是没有爆发。
神农在妖族群起之时，暂停了尝百草之路，回到陈都带领人族准备备战，可是久不见妖族复起，神农就将此事交由黄帝主持了，而他再次踏上尝百草之路。
匆匆百年，神农走遍洪荒大小山川，跨过数百河流，尝过了所有药草，最终根据人族病症，从中筛选出数百中草药，绘制了洪荒第一本医书《百草经》，然后开始指导人族借用草药治疗疫病。
经过百余年的奔波，神农走遍人族大大小小的部落，亲自为患病族人治病采药，赢得了全族的爱戴，同时自身的医道也得以完善，证的混元道果，继伏羲之后又一位成就人族圣皇之位。
神农证道后邀请人族各部落首领齐聚陈都，选举人族下一任共主。被人族推举出来的人选分别为黄帝轩辕，黑帝少昊和在神农离开后，在南方崛起的新兴部落首领蚩尤。
黄帝轩辕和黑帝少昊都是在三族大战中兴起的人族俊杰，然而近年来黄帝一直辅助神农治理人族，在族人中威望仅次于神农，而少昊则一直呆在北方地区，鲜有值得称道的政绩，所以在两人的竞争中，大部分部落首领还是选择了黄帝轩辕，至于南方蚩尤就更加为人所不知，得到的支持者寥寥无几。
神农见黄帝轩辕得到了大多数人的支持，加上心中也认可黄帝的能力，于是在准备了一番后，就将共主之位传于黄帝，而他则追随天皇伏羲隐居火云洞护持人族。
神农的方式虽然公正，但总有不服者，竞争失败的少昊在明白自己错失共主之位的原因后，也不在安于北方，转而投入太昊麾下，协助太昊发展人族天庭，一时间也将天庭治理的蒸蒸日上，从而受到人族敬佩，与太昊一起被尊称为天庭二帝。
而另一位竞争共主失败的蚩尤却另有想法，他认为自己之所以失败，其原因在于黄帝轩辕是神农的亲信，这种想法的来源则是神农在位时，就将黄帝轩辕调入中枢，辅助神农治理人族，由此可见二人关系极好，而自己虽然出生南方，却与神农并不熟悉，所以才失去共主之位。
于是蚩尤回到南方后，并不认可轩辕的共主之位，对轩辕黄帝推行的政策也是挑三拣四，感觉合适的则听从，不合适的则敷衍。同时积极训练士卒，整军备战。
南方的消息自然瞒不了轩辕，在蚩尤多次违抗自己的政令后，轩辕即遣人前去询问。结果蚩尤狂傲，不仅将轩辕的使者羞辱了一番，还将其打出部落。
消息传回陈都后，陈都人族愤愤不平，纷纷向轩辕上书请求讨伐蚩尤。消息传到其他几方人族部落后，东方，西方，北方人族纷纷上书支持轩辕讨伐蚩尤，只有南方部落摄于蚩尤的淫威，不敢表态，既不支持也不反对。
即便如此轩辕黄帝也没有举兵，反而是安抚下受辱的使者后，再次遣使者前去南方，请罪于蚩尤，并向他请教治理人族之法。
据说当时有人向轩辕请教，问他“蚩尤如此挑衅与您，族人们都支持您讨伐他，您为何反而向他请罪并求教？”
轩辕黄帝的回答则是“我不能使蚩尤信服，是我的德行能力不足，自然应向其请罪求教，若是我因蚩尤的挑衅而引起人族打乱，那么我的罪过就更大了！”
听到轩辕的回答，人族彻底被轩辕的品德所折服，就连并不服气的黑帝少昊也感慨说道：“黄帝的品德已和神农陛下一样了！”其他人族部落也更加相信黄帝轩辕能带领人族自强不息，更加尊崇黄帝的领导。