郭子兴也把他视作心腹知己，有重要事情总是和朱元璋商量。当时郭子兴有一养女，是其至交马公的女儿。马公死后，他最小的女儿便由郭子兴收养。此时，郭子兴见朱元璋是个人才，对自己的事业将会有很大的帮助。于是便把21岁的养女马氏嫁给了朱元璋，从此军中改称他为朱公子。有了身份，便不能再用从前的小名重八了，于是就另起了正式名字元璋，字国瑞。
当时，在濠州城中，红巾军有五个元帅。郭子兴一派，孙德崖与其他三个元帅一派，两派之间矛盾重重。这年九月，徐州红巾军主将芝麻李被元军杀害，其部将彭大和赵均用率兵到了濠州，彭大与郭子兴交好，而孙德崖等人则拉拢赵均用。在孙德崖的鼓动挑拨下，赵均用绑架了郭子兴，并将郭子兴弄到孙家毒打一顿，准备杀掉郭子兴。朱元璋闻讯后，在彭大的支持下，率兵救回了郭子兴。从此，两派结怨更深了。
朱元璋见濠州城诸将争权夺利，矛盾重重，决心依靠自己的力量，开创新局面。至正十五年(公元1355年)六月中旬，朱元璋回乡募兵，少年时的伙伴徐达、周德兴、郭英等和同村邻乡的熟人听说朱元璋做了红巾军的头目，纷纷前来投效。于是朱元璋很快就募兵七百多人，回到濠州，郭子兴十分高兴，就提升朱元璋做了镇抚。
这年冬天，彭大的儿子彭旱住自称鲁淮王，赵均用自称永义王，而郭子兴等仍是元帅。
朱元璋见这些人半年没出濠州城，于是他从自己招募的新兵中挑选了心腹徐达、汤和等二十四人离开濠州，南略定远。在南略定远途中，朱元璋先招抚了张家堡驴牌寨民兵三千人，后又招降了豁鼻子秦把头的八百人。统率着这支队伍，朱元璋向东进发，乘夜攻破定远横涧山的元军营地，元帅缪大亨投降。朱元璋从降军中挑选了精壮汉人二万人编入了自己的队伍，并南下滁州(今安徽滁县)。
在南下滁州途中，定远名人李善长到军门求见。李善长和朱元璋一见如故，李善长以汉高祖刘邦为例劝说朱元璋：只要效法刘邦知人善任，不乱杀人，很快便可平定天下。朱元璋认为很有道理，于是留李善长做了幕府的书记，并嘱咐李善长好好协调将领间的关系，共创大业。
朱元璋很快攻下了滁州，其亲侄儿文正、姐夫李贞带着外甥保儿(后来取名文忠)前来投靠。从他们口中，朱元璋得知二哥、三哥、姐姐都去世了，不免伤心。其时还有定远孤儿沐英，甚是可怜，于是，朱元璋就将这三个孩子收作养子，改姓朱。后来，朱元璋又收养了二十几个义子。
在朱元璋进攻滁州时，郭子兴受到赵均用、孙德崖等人的排挤，所以，朱元璋攻下滁州城不多久，郭子兴也来到了滁州。朱元璋立即交出兵权，三万人的队伍，纪律严明，军容肃整，郭子兴见了十分欢喜。
1353年，朱元璋任命虹县(今安徽泗县)人胡大海为前锋，一举攻克了和州。消息传来，郭子兴即刻任命朱元璋为总兵官，镇守和州。一次，朱元璋外出，看到一个小孩在哭，朱元璋问他为什么哭，答说是等父亲。朱元璋仔细一询问才知道，原来孩子的父亲和母亲都在军营，父亲在营中养马，母亲和父亲不敢相认，只好以兄妹相称。朱元璋意识到，部队军纪存在问题，他们攻破城池后，扰民滋事，掳掠妇女，这样下去，部队将失去民心。于是，朱元璋召集众将，申明纪律，下令归还军中有夫之妇，让城中许多被拆散的夫妻团圆。此事广为传颂，朱元璋深得民心。
此年三月，郭子兴病逝，小明王韩林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，妻弟张天为右副元帅，朱元璋为左副元帅。名义上，都元帅是军中之主，右副元帅的地位也比左副元帅高。但是滁州和和州的军队，多是由朱元璋招募收编的，而且朱元璋比郭天叙和张天有勇有谋，并且手下又有人才。所以，朱元璋事实上成了这支队伍的主帅。
【建国政治】
明朝建立伊始，中华大地经过近二十年战乱的破坏，一片凋敝。对此情形，朱元璋实行了发展生产，与民休息的政策。1368年，朱元璋称帝不久，外地州县官来朝见，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根。现在重要的是休养生息”。
1370年，朱元璋接受大臣建议，鼓励开垦荒地，并下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定，农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。
除了民屯外，明初还有军屯和商屯。军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。军粮基本上自给自足。商屯是指商人在边境雇人屯田，就地交粮，省去了贩运费用，获利更丰。商屯的实行，解决了军粮问题，同时也开发了边疆。
为了恢复和发展生产，朱元璋十分重视兴修水利和赈济灾荒。在即位之初，朱元璋就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。到1395年，全国共开塘堰大约40987处，疏通河流大约4162道，成绩卓然。朱元璋出身农民，深知灾荒给农民造成的痛苦，在他即位后，常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。朱元璋还十分爱惜民力，提倡节俭。他即位后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。按惯例，朱元璋使用的车舆、器具等物，应该用黄金装饰，朱元璋下令全部以铜代替。主管的官员报告说用不了很多黄金，朱元璋却说，他不是吝惜这点黄金，而是提倡节俭，自己应作为典范。在朱元璋积极措施的推动下，农民生产热忱高涨。明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。朱元璋的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。
【集权统治】
由于朱元璋是开国皇帝，明初皇帝的力量比较强大，到了明朝中后期则文官的力量变的强大起来。朱元璋利用特务机构，派出大量名为“检校”的特务人员，遍布朝野，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，朱元璋问宋濂昨天在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。朱元璋听后满意地说：“你果然没有骗朕。”著名儒士钱宰被征参编《孟子节文》，一日散朝回家，随口吟诗道：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何日得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”结果第二天上朝，朱元璋便问钱宰：“昨天的诗不错，不过朕没有‘嫌’迟，改作‘忧’字，如何?”钱宰一听，吓得忙磕头请罪。
1382年，出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛禄就是这样被活活打死的。
在地方上，在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
1370年，朱元璋下令设科取士，规定以八股文作为取士的标准，以“四书”、“五经”为题，不允许有自己的见解，必须依照古人的思想。这种考试的内容比较僵化，限制了人们的思想。
同时，对于不肯合作的地主知识分子，朱元璋则想尽办法加以镇压。他出生贫寒，并且早年做过和尚，所以十分忌讳“光”、“秃”等字眼，就连“僧”也不喜欢，甚至连和“僧”读音差不多的“生”也同样厌恶；他曾参加过红巾军，因此不喜欢别人说“贼”、“寇”，连和贼读音相近的“则”也厌恶。