正德急忙命太医给段飞医治，不过面对这种内伤一般的太医又怎么治得了呢？好在段飞的伤并不致命，只需好好调养几年就好，段飞向正德请了长假，就在家里好好休息起来。
其实段飞的伤并没有看起来那么厉害，回到京城的时候已经好得差不多了，他之所以装病是为了避开朝争的风头，虽然如今朝中多数都是他的人，但是他给正德的那些建议在朝堂上提出来之后还是引起了轩然大波，朝中官员为了自己各自的目的争个不休，甚至有人一心段飞要谋朝篡位，虽然那人立刻被正德廷杖打得半死并且赶回原籍永不录用，但是段飞如今自然还是暂避风头为好。
新兴的资产阶级自然是全力支持段飞进行政治改革的主力，另有部分开明的地主官僚对段飞提出来的那些新思想也很感兴趣，在正德与段飞一眀一暗的推动下，改革缓慢而艰难地进行着。
相对于政治上改革的缓慢，经济上的改革见效极快，户籍制的改革和路引的取消对经济推动很大，短短两三年大明的商人就多了好几倍，税赋更是十倍增长，不论是商人还是手工业者的积极性都高涨起来，大明对新事物的接受能力是超强的，他们改进生产工艺，生产的货品也十倍百倍地增长，东西多了，价格就便宜下来了，百姓的荷包也鼓了。
大明自己消化不了的商品被商人们通过越来越发达的运输系统送往东南西北的边贸城市，卖给鞑靼，卖给瓦刺，卖给朵颜三卫和女真人，卖给日本人、荷兰人、佛郎机人……
就在段飞回京后的第三天，又一件令大明举国欢庆的消息迅速传开，那就是皇后娘娘终于怀上了龙种的消息，大明江山后继有人，许多人都松了口气，哪怕皇后娘娘生子还是生女的机会各占一半，不过正德还年轻，继续努力耕耘，何愁没有皇子降临呢？
在这个消息的刺激之下，正德终于决定纳朵颜三卫的公主金珠为妃，这是在段飞再三拒绝正德赐婚的情况下，正德无奈的选择。
大明一举拿下了鞑靼，瓦刺与朵颜三卫等各部都被彻底震慑住了，他们纷纷向大明表示臣服，若非瓦刺没有公主，说不定瓦刺也会选择和亲之途的。
能不费一兵一卒收服朵颜三卫，正德只好委屈自己了，虽然如此，在跟瓦刺、朵颜三卫等进行和谈的时候，大明依然是无比强硬的，并没有因为对方恭维了几句天朝上国就手软嘴软，在开放多处永久互市的情况下，瓦刺与朵颜三卫同意了很多看似不起眼的要求，但是对未来大明移民塞外同化这些民族却有莫大的功效，只不过这需要至少百余年的时间才能办到。
就在段飞修养期间，皇后娘娘终于生产，正德得了个龙子，巧得不能再巧的是，卫国公五夫人在同一日也生了个男孩，从此皇后的地位稳如磐石，正德的后宫也终于安定下来。
修往塞外的沥青路日夜赶工在修着，在锦衣卫的研究所里，蒸汽机也制造出来了，在卫国公的指点下，大家对这个机器充满了幻想，另外卫国公还在闲得无聊的情况下指点工匠造出了一辆自行车！虽然这东西简陋了点，不过在较平整的路上这东西的速度不输于快马，快马多少钱一匹？这东西多少钱一辆？何况马还要找个马夫日夜伺候这，草料钱积累下来都不是小数啊，于是蒸汽机还没大规模应用，倒是小小的自行车开始在大明自上而下地流行起来。
卫国公不理朝政，但是他的名声却反而更加响亮，这是因为他没事干的时候发明了许多东西，甚至改写了本水浒后传，是砍掉了水浒后四十回开始写的，林冲、卢俊义等梁山伯好汉在投降朝廷之后三两下解决了方腊，然后组建大宋水师，在接下来的北方游牧民族南侵之战中大显神威，将金国人、西夏人、蒙古人都赶到了大漠的尽头，然后梁山好汉们驾船出海，在精彩的海上旅途中他们为大宋打下了大大的海疆……
这新水浒后传被有识之士驳得一文不值，但是百姓就是爱看，出了一版又一版，为段飞赚了不少稿费回来，他兴致勃勃地招来几个著名说书先生，口述诸如《一千零一夜》之类的故事，让这些说书先生将这些故事记录下来，修饰一下拿去出版，对大明的问话发展起了重大推动作用，更重要的是，《阿里巴巴和四十大盗》、《辛巴达七海游记》等故事鼓励了许多年轻人走向大海，富有激情地去争取他们的幸福……
段飞击毙陶天雄之后转眼就过去了三年，这三年里段飞时而躲在家里写东西，时而带苏蓉他们到处游玩，时而又作为‘客卿’身份去锦衣卫的研究所视察一下指点指点工作，时间过得飞快。
正德二十八年的春天，南方传来消息说大明海军成功收复满刺加，帮助满刺加复国，并且眀军将常驻在那里的好消息，佛郎机人的势力被赶出了东南亚，大明舰队开始对印度洋和波斯湾虎视眈眈起来。
就在这举国欢腾的日子里，段飞突然接到一个外情部从日本辗转送回来的消息。
接到这个消息后段飞显得有些兴奋，他思索了一阵后有了计划，立刻命人准备车马，段飞随即进宫参见正德。
“皇上请看，这就是锦衣卫外情部从日本想方设法传回的东西……”段飞将一块黄色的破布递给正德。
正德疑惑地接过一看，随即愕然道：“这是……”
段飞正色道：“这是日本去年刚即位的大永天皇亲笔手书，并且盖了玉玺的国书，大永天皇希望向大明称臣，以换取大明派兵消灭日本国内各大名势力，支持他管理这个国家。”
正德仔细看完日本来的国书，讶道：“难道日本已经内乱到快要灭国的境地了吗？这个新即位的天皇不会落魄到国书都只能用这么破烂的布来写的程度了吧？”
段飞笑道：“皇上，据微臣所得的消息，这位大永天皇的爷爷后土御门天皇驾崩之后国内大乱，天皇遗体拖了许久都没钱下葬，大永天皇的父亲更是十年之后才在各大明凑钱之下举行了登基仪式，如今大永天皇虽然登基已经快两年了，但是他同样没钱举行仪式，如今日本国内新主刚立，两个最大的大名大内氏和细川氏斗得如火如荼，这个可怜的小天皇根本没人理，微臣派去日本的人好不容易联系上天皇，说说了几句，大永天皇便忍不住写下国书，祈求皇上的帮助了。”
正德摸了摸下巴上蓄起的胡须，说道：“段爱卿，如今你说该怎么办？”
段飞目光中精光一闪，说道：“皇上，这是一个极好的机会，只要消灭了日本国内的反对力量，扶持大永天皇在位，然后趁机驻军日本，控制住这个不听话的小国，大量移民过去，不出数十载，一贯仰慕我大明文化的日本，将彻底被同化，到时候再将日本归入我大眀领土即可。”
正德沉吟起来，段飞见状又道：“倘若皇上觉得这样还是太慢，等咱们在那边正式驻军之后，就可以名正言顺地以天皇的名义清剿那些地方大名的割据势力，等再也无人能与我驻军对抗之时，再使点手段，让天皇在日本祈求并入大明的国书上签押盖章，日本便唾手可得了。”
正德微笑着瞥了他一眼，摇了摇头，段飞说道：“皇上莫非觉得微臣的计划不妥么？”
正德笑道：“倘若情报没有错，爱卿这两个计划都是可行的，不过……计划虽好，倘若任用非人，再好的计划都白搭，段爱卿觉得朝中有谁可堪重用，能够派去日本实施这个数十年如一日的计划呢？”
段飞苦笑道：“皇上，有此能为的大臣只怕很忙，其他人皇上也不放心委以重任，看来只有微臣走这一遭了。”
正德点点头又摇摇头，说道：“此事还需从长计议，朕可舍不得爱卿你去那天涯海角、穷山恶水之地……”
段飞似笑非笑地说道：“皇上，日本可不是穷山恶水之地，只是那里的人还比较愚昧，倘若微臣去到那里，不出十年便可让日本成为东亚仅次于大眀的富庶之地，咱们大明就算要吞并日本，吞并一个富庶的日本总比吞并一个穷得叮当响的日本强吧？”
正德并没有立刻做出决定，他召集几位内阁大臣，让段飞暂避一旁，然后拿出那件破破烂烂的日本大内天皇的国书给他们瞧。
吏部尚书杨一清越老弥坚，他看完国书之后不动声色地把国书递给了身边的刑部尚书钱如京，钱如京看完之后又将东西传递了出去，当东西在大家手里传递了一圈之后，正德说道：“诸位爱卿，这国书是锦衣卫送来的，应该没有问题，诸位爱卿觉得咱们该如何回应呢？”