为了确保‘衣冠南渡’计划的成功，萧明乾将联合护卫军海军的大部分战舰都给派了出去。这些战舰，被临时分成了三个部分。
第一部分共计七十艘战舰，由赵永岩率领，全程保护运送移民的船只的安全。在这两个月的里，他们被命令在任何情况之下，都不能离开他们所护航的运输船只十里以上，他们的任务只有一个，不惜一切代价保证运输船只的安全。
第二部分共计一百艘，由童子豪率领，石元为副。负责寻找时机，歼灭西班牙舰队主力。萧明乾自知对海战并没有天赋，而且这些年来，他也没有在第一线率领过海军作战，所以他将作战的主动权，完全交给了童子豪和石元，给他们的任务只有一个，在确保损失不大的情况之下，消灭西班牙舰队的主力。并且在此基础之上彻底封锁马尼拉。
第三部分共计五十艘，由金路率领。负责担任警戒任务，阻挡有可能出战的孙新舰队，和并不是非常令人放心的荷兰舰队。
不过，在‘衣冠南渡’计划刚刚开始的时候，除了第二部分正在南洋给予西班牙人持续的压力以外，第一部分和第二部分，正同时担任首批运输船队的护航任务。毕竟万事开头难，一旦第一批成功了，那么后续的就好办多了。
一千二百艘大小船只，再加上一百二十艘海军战舰，这个规模是这个时代所从未见到过的庞大船队。从早上七点开始，一直到两点左右，所有的人员物质才装船完毕。在萧明乾一声令下，整个船队浩浩荡荡的开出了台中港，向南驶向茫茫大洋。
“督军大人，这‘衣冠南渡’已经开始了，是不是该确定吕宋的主要官员的人选了。”目送这个庞大船队慢慢离开，平复了激动的心情的陈元贇提醒萧明乾道。
其实在一开始，陈元贇就跟萧明乾提过这个问题，但是当时萧明乾并没有做出决定，因为在萧明乾看来，在战争阶段，吕宋这样新占之地，最好是实行军政权利较为集中总督制，赋予派出去的官员一定的军政专断之权。
但是萧明乾刚一提出这个想法，便遭到了唐洪生，陈元贇等人强烈反对。虽然他们也只要台湾的武力一直保持强盛，那么外派的官员就不可能对台湾产生威胁。但是事情一旦开了头，那么后续想要改变就会产生太多的问题，到时候台湾所要面对的不仅仅是一两个总督的撤留问题，而是这个所形成的利益团体的问题。
所以，几乎所有的台湾军政府官员都对萧明乾的提议投了反对票。最后，萧明乾想了想，也的确是这样。或许到时候，那些总督同意被撤除，他们的手下也不希望这样的事情发生，所以到现在萧明乾都没有真正的决定该安排吕宋的行政和军事体制。
“哎难呐南洋毕竟不是台湾，如果不给当地官员一定的专断权，他们在面对当地土著和西洋势力的时候，不可避免的会出现缚手缚脚的情况，弄不好，会吃大亏的。”萧明乾说出了心中的担忧。
“督军大人，这南洋当地土著虽多，但是其愚昧无知且极其懒惰，虽然人多，但是在元贇看来，对我们起不到大的威胁，毕竟我们后续的移民的目的地可都是南洋各岛，只要当地汉人人数超过百万，即使在个别小的地方吃点亏，也不会妨碍大局。而且只要海军保持足够的实力，那么南洋各势力，就不可能对我们产生真正的威胁。
反而是派往南洋的官员，等南洋的人口增多了以后，在土著已经不再成为威胁的时候，难保他们不生出二心，所以万不可给予他们太多专断之权。”陈元贇极其中肯的劝道。
按照萧明乾的计划，在南洋的局面打开之后，所有的移民将只在台湾做为期一年的中转，待移民修养好了以后，他们将会全部运往南洋各地。如此一来，台湾的人口增长速度将会彻底的慢下来，可能十年后，台湾的人口都不会超过五百万。
这样一来，南洋的汉人人口将会急剧增加，十几二十年后，很有可能超过台湾。再加上当地的土著，人口数量超过台湾是肯定的。
在这种情况之下，拥有专断之权的官员，其能够调用的实力太过庞大，很难保证其不生出二心。如此一来，对台湾来说将是个巨大的灾难。
“是啊督军大人，此事不可不防啊现在南洋几大世家对待我台湾的态度便可见一斑啊”唐洪生也赞同的说道。
“嗯那你们有好的建议？”没办法，萧明乾只能将皮球踢给个唐洪生他们。
“督军大人，南洋离我台湾距离并不遥远，海路极其方便。所以，我们只要在组建一支第三舰队，赋予其军事专断权，那么就足以应付南洋所要面对的军事问题。但是第三舰队的军事主官没有任何的行政和财政权，不允许干涉我台湾派驻到各地的行政官员的行政和财政权，军人严禁干政。第三舰队的所有给养所需，均需通过台湾拨付。
另外那么我们可在南洋实行现在台湾所实行的市县乡三极地方行政体系，只要汉人人口足够多，那么当地土著便不可能有那个实力颠覆我们在南洋的统治，即使有西洋势力参与其中，也不可能。而且如此一来，一久，南洋必将为我台湾牢牢掌控。”陈元贇将的南洋军阵体系一口气说了出来。
“嗯此为上策就依此行事。不过，我们掌控之地多了以后，还需要在市县乡之上再增加一个省。，这样一来，南洋的各级行政人员，便需要军政府负责委派了。至于组建第三舰队，还需此战之后，局势稍微稳定了以后再说。”萧明乾最终接受了陈元贇的建议。因为他突然间意识到，台湾不同于西班牙荷兰这些西方殖民者，对南洋或许该实行更加强力的控制。
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