朱温打败了魏博军，收服了河、洛地区，现在是兵强马壮，他决定回兵收拾老冤家蔡州的伪皇帝秦宗权。公元888年五月，昭宗李晔又加封朱温为兼侍中。

　　　　正在朱温要亲征蔡州的时候又传来一个好消息，秦宗权手下的大将赵德諲决定反正，带领山南东道（治所在襄州，今湖北襄阳）兵马归顺朝廷，并且派使者到汴军表示希望接受朱温领导。朱温上表朝廷把山南东道军队改编为忠义军，任命赵德諲为节度使及蔡州四面行营副都统，协助他剿灭秦宗权。

　　　　赵德諲是蔡州人氏，一直在秦宗权手下为将。秦宗权未叛时，因与黄巢作战有功，被封为申州（治所在今河南省信阳浉河区）刺史。公元884年，秦宗权叛唐，赵德諲被派去协助鹿宴弘去攻打山南东道，迫使山南东道节度使刘巨容弃首府襄阳逃亡成都。鹿宴弘接管忠武军，留赵德諲做了山南东道留后。公元887年冬，赵德諲奉命去攻荆南，杀了唐节度使张瑰，留部将王建肇守荆南首府江陵。公元888年，归州刺史郭禹攻打荆南，王建肇战败，逃入贵州。赵德諲得报荆南丢失，认识到秦宗权离失败不远了，因此决定归顺朱温。

　　　　朱温带大兵到汝水与赵德諲会合，然后就直扑蔡州城下。秦宗权派出兵马在蔡州城南与朱温大战，蔡州兵大败，汴州军攻下北关门。朱温调配诸将，在蔡州城外分作二十八座营寨，把蔡州团团围住不停攻打。每次攻城朱温都身披铠甲，手执兵器亲自指挥。

　　　　一日朱温正在指挥士兵将云梯靠上城墙，掾梯爬城，突然一支敌箭飞来射中朱温腋下，顿时鲜血涌出，衣袖尽湿。朱温竟然面不改色，命令身边小校不许声张，继续指挥。兵士们见主帅这样勇敢，也都个个争先奋勇。可是守城的蔡兵也不弱，他们拼命向城下射箭，抛掷石块砖瓦，战斗异常激烈。

　　　　七月又传来消息，李罕之领兵进攻河阳。朱温正在担心河阳的安危，又有探报传来，丁会已经把来犯之敌击退。这下朱温放心了，继续攻打蔡州。八月份初三，朱温的军队攻下蔡州南城。

　　　　在朱温发兵攻打秦宗权的时候，新皇帝昭宗李晔也开始行使他的权力。大太监杨复恭因为有拥立之功，昭宗赐其铁券封他为金吾上将军。杨复恭开始把持朝政，他广收门徒义子，并把这些人都安排到重要岗位上。他的义子杨守立为玉山军使，杨守贞为龙剑节度使，杨守忠为武义节度使，杨守厚为绵竹刺史等等。他还派出大批亲信到处去任监军，试图掌握军队。

　　　　昭宗在封朱温为兼侍中的时候，几乎同时也封李克用为兼侍中，以保持平衡。昭宗还加封李茂贞为校检侍中，置佑国军于河南府，封张全义为节度使，以权知魏博留后罗弘信为魏博军节度使。

　　　　朱温攻打蔡州，战斗一直进行到公元888年的九月份。这时朱温军队后勤补给发生了困难，而且秦宗权困守孤城，已经不可能对汴军构成威胁了，朱温决定撤军回汴州。朱温知道这位大蔡皇帝没几天蹦跶头了。

　　　　果然，公元888年十二月份蔡州一位守将申从领兵活捉了秦宗权，并把他的腿打折投降了朱温。朱温上表推荐申从为蔡州留后。