邠州节度使守侍中兼中书令王行瑜向昭宗请求作尚书令，昭宗身边的宰相韦昭度密奏昭宗说：“太宗皇帝以尚书令执政，遂登大宝，自此这个职位不再授人臣。唯有郭子仪以大功拜尚书令，而郭子仪终生不敢自称这个官讳。王行瑜怎敢这样要求呢？”昭宗李晔就没有答应封王行瑜为尚书令，封了他一个太师头衔，并赐号尚父及铁券。
昭宗李晔身边另一位宰相崔昭纬暗结王行瑜、李茂贞、韩建，他派人告诉王行瑜：“前次皇帝已经同意任命你为尚书令，由于韦昭度的阻止，才没能通过。现在韦昭度又和李溪勾结，荧惑圣听，恐怕他们要做杜让能以前做过的事。”在崔昭纬的挑唆下，王行瑜、李茂贞上表给昭宗要求罢免韦昭度和李溪官职。昭宗李晔开始不同意，他说：“行军打仗朕与藩镇军帅商量，任命宰相不关你们的事。”但最后李晔还是迫于压力让了步，罢免了李溪的宰相，而任命他为太子太师。
王珂与王珙兵戎相见，争当河中地区统帅，王行瑜、李茂贞、韩建都向昭宗上表要求皇帝李晔封王珙为护国节度使。李晔因为先已经答应了李克用的请求，于是便驳回了王行瑜等的表章。这一下惹恼了王、李、韩三帅，王珙又派人对他们说：“王珂是李克用的女婿，他占领河中，必与诸公不利。请诸位出兵讨伐王珂。”王行瑜对这件事最积极，他马上派弟弟匡国节度使王行约带兵去打王珂，王珂则求救于李克用。
王行瑜、李克用和韩建感觉这件事小皇帝李晔太不听话，竟敢驳他们面子，于是决定到长安见见皇帝，讲讲理。
昭宗乾宁二年（公元895年）五月，农历初八，王行瑜、李茂贞、韩建各带数千士兵进入长安，惊得京城百姓四散奔逃。昭宗李晔只好战战兢兢上安福门来见这三位军帅，上了城楼，昭宗只见楼下密密麻麻排满了军队，前面骑在马上的正是王行瑜、李茂贞和韩建。城楼上当值太监向下喊道：“天子驾到，三位将军还不下马参驾？”王行瑜等三人见到昭宗，也只好下马行礼山呼万岁。昭宗李晔壮起胆子问道：“三位卿家，没有朕的宣召带兵入京意欲何为？如果你们不想跟朕干了，我就派别人代替你们。”王行瑜等三人这时并没有商定要推翻李晔另立新君，他们只想挟天子而令诸侯，昭宗这样一问，他们倒不知怎样回答。还是韩建口才好点，于是就把王珂不是王从盈的亲儿子，不应作护国军节度使的话当着李晔地面再说一遍。李晔见他们还承认他这个皇帝也放下了一颗悬着的心。
昭宗李晔也不想得罪王行瑜等三人，于是就在皇宫摆宴请王、李、韩三帅赴宴。在宴会上，三人又提出：“南北司互有朋党，惑乱朝政。韦昭度讨西川失策，李溪作相不合众心。”请昭宗把两位宰相处死。这么无礼的要求李晔怎么能答应呢？王行瑜等三人可不管皇帝李晔答应不答应，他们要杀鸡给猴看。宴会后他们立即派兵在都亭驿杀掉了韦昭度和李溪，接着又杀了枢密使康尚弼和几个宫中的太监。这一下昭宗李晔老实了，只好答应了他们的让王珙当河中节度使，王行约去陕州，王珂去同州的要求。
李克用听到了王行瑜、李茂贞、韩建兴兵犯阙的消息，立刻带领部下的藩、汉兵进军长安。公元895年六月份兵至绛州（今山西新绛县），刺史王瑶守城拒战。河东兵一阵猛攻，打进绛州杀了王瑶。
七月份李克用大兵来到河中与王珂会合，接着在朝邑（在今陕西大荔县境内）大败王行约，王行约弃同州逃回长安。七月农历初四，李克用的大军已经进抵长安附近。这下王行瑜等人慌了手脚，三帅手下乱兵在长安大掠西市，准备逃出京城。王行瑜派人劝昭宗跟他们去邠州，而李茂贞则要昭宗移驾凤翔。为达到让昭宗跟他们走的目的，李茂贞手下李继鹏竟命人火焚皇宫大门。
或传王行瑜和李茂贞要亲自到宫中迎驾，昭宗李晔怕受他们胁迫，在护跸渡头都头李筠和李居实的保护下出启夏门逃往南山，后转幸石门镇。昭宗李晔逃出长安时非常狼狈，百官多跟从不及，半路又遇见强盗，跟随昭宗逃难的百姓被劫掠一空，死伤无数。
李克用来到长安城下，王行瑜等三人只好撤出长安。李克用命令李存贞为前锋攻拔永寿，派史俨带三千兵马到石门护驾，遣李存信、李存审会同保大节度使李思孝攻打王行瑜的黎园寨，擒其大将王令陶等。李茂贞见势头不好，杀掉纵兵焚烧宫门的李继鹏，上书向皇帝昭宗请罪，并派人去向李克用求和。昭宗派延王戒丕、丹王允宣谕李克用赦李茂贞之罪，全力讨伐王行瑜。
李克用派遣他的儿子李存勖到石门行在拜见昭宗。当年李存勖刚刚十一岁，昭宗见他相貌不凡，便鼓励他说：“此儿真乃国家栋梁之材，希望他日效忠国家。”李存勖日后果然成了后唐皇帝，建立了自己的王朝。
在李克用军队的护卫下，昭宗李晔回到了长安。由于宫室焚毁，只好暂时住在尚书省。昭宗下旨消去王行瑜所有官衔，命李克用为邠宁四面行营招讨使去讨伐王行瑜。李克用令李罕之、李存信急攻梨园，破邠州军梨园三寨，杀守军万余人，擒获王行瑜子知进及大将李元福。十一月，李克用攻打龙泉寨，李罕之击走了来援的凤翔兵，李克用攻下龙泉寨，王行瑜逃回邠州。
李克用兵围邠州，王行瑜上城哭求李克用说：“我实在无罪，胁迫皇帝，都是李茂贞和李继鹏他们干的。你应该发兵凤翔去问罪李茂贞。行瑜将束身归朝请罪。”李克用回道：“王尚父何必谦虚呢！克用受诏命讨三贼臣，你是其中之一，束身归朝这样的事已经轮不到你了。”王行瑜打不过李克用只好带领家族逃出邠州，走到庆州境被部下所杀，传首京城。