却说李自成由大顺以及明廷归降文武群臣扈从，来到武英殿，时过中午，他同李岩、宋献策、牛金星略一商量，命六部政府和文谕院的文臣们各回自己衙门，恢复各个衙门的运作。他将于三日后举行早朝，然后有询问关于宫内的一些情况，因崇祯尚无下落，太子和永、定二王也未找到，只听说都已经由太监们送出宫了。他必须抓紧时间，继续在皇城中寻找崇祯，还得弄清崇祯的三个儿子被太监们藏匿何处，李自成嘱咐三人道：“不管崇祯死活，务要找到下落”，遍屏退众人，于武英殿之中小憩片刻。
有明廷宫女很是顺从的伺候着，李自成微笑点头，看到这些妙龄女子的婀娜多姿，满心欢悦，今日初进皇宫，还没有受百官朝贺，更没有举行登极大典，他已经知道了做皇帝的尊贵，宫中的陈设富丽，身边宫女们美貌，温柔，知礼，对他服侍得细心周到。他想着自己日后的皇帝生活……想着，他含着满意的微笑进入梦乡。
黄昏十分，李自成被刘宗敏等人叫醒，在宫女的侍奉下，用金盆捧水净面，用红漆描金龙凤托盘捧着御窑茶杯，盛着温茶漱口，宫女服侍他穿好施子，戴好帽子。虽然李自成对宫女们这样的服侍感到繁琐，但是他并没吩咐免除，反而在很不习惯中舒舒服服地接受了。他的眼前那些低头跪在他面前的宫女们的粉颈、桃腮、云鬓，也出现了那行走的轻盈的体态，说话时的温柔而婉转的声音，还有那奇妙的脂粉香和薰在衣服上的清幽芳香，他是一个还不满三十八岁的壮年男子，他的感情起了巨大的变化，尽管他表面上十分严肃，内心中却不由自主地动了男女之情。
“崇祯有下落么？”李自成走出偏殿后向众人问道。
牛金星跪在地上回答：“启奏皇上，将士们一直在皇城内外各处寻找，至今尚无消息。不过，崇祯的太子和两个皇子已经找到了。”
“找到了？在哪里的？”李自成也是十分的激动。
“他们都被太监们送到皇亲的府上，他们在我军将士严密的搜寻之下，都不敢隐藏，将他们献出来的。现在正被押来，等候皇上的召见。”
“去传旨：速将明朝太子和永、定二王带来见朕！”
过了一阵，将太子和永、定二王带到了李自成的面前。牛金星叫太子等赶快跪下，但是太子倔强地不肯下跪，看见他不肯跪，他的弟弟们也不肯跪。
李自成态度温和地说道： “不肯跪算了，不必勉强。”他又用文雅的口吻向太子问道： “汝父为何亡国？”
太子慷慨答道：“父皇勤政爱民，本无失德，只因诸臣只知谋私误国，所以失去江山。”
“你知道你父是现在何处？”
“天明前我由内臣护送出宫，以后宫中事全然不知。”
李自成语气诚恳地接着说：“在进军之前，朕曾与大臣们讨论决定，倘若兵临城下之日，你父皇知道天命已改，愿意禅让，朕将待以殊礼，使他继续享受人间尊荣，优游岁月，对官眷也一体保护，朕自是不会为难你们的，待举行登极大典之后，就对你等降敕封王，颁赐铁券，世袭罔替。”
牛金星轻轻推了一下太于：“赶快跪下，向大顺皇上叩头谢恩！”
太子仍然倔强不动，永、定二王也照样学他。在场的宫女们更担心本来可以不死的太子和二王会惹出杀身之祸，暗中焦急。
李自成看见倔强的太子，毫不在意的说道：“算了，大明已亡，其母后自尽殉国，父皇不知下落，要他跪下去叩头谢恩他当然不肯，朕得了天下，何计较这些小节！”
知道皇后已去世，李自成便命人用宫中门板运出，装入柳棺，放置在东华门外，路过的百姓都掩面而泣。过了三天，天刚亮，成国公朱纯臣、大学士魏藻德率领文武百官入宫朝贺，他们都穿着素服坐在殿前。李自成不出来，大顺军将士争相对百官戏耍侮辱，或槌打他们的背部，脱下他们的帽子，或将他们的脚弯起来勾在脖子上，以此相笑闹，百官都害怕得趴在地上不敢动。李岩将情况告诉李自成，便改殓皇后，给她戴上哀冕，穿上画有野鸡图案，并加盖一间草棚。大学士陈演劝自成登帝位，李自成不许。封太子为宋王。放出刑部、锦衣卫关押的囚犯。
李自成召见朝官，他南面而坐，牛金星、刘宗敏、宋企郊等人在左右杂坐，依次喊各人的名字，分三等授以官职，自少詹事梁绍阳、杨观光等四品官以下，无不不顾廉耻地接受伪命。李自成还下令：“敢有伤人及掠人财物妇女者杀无赦。”京城秩序尚好，店铺营业如常。
三月二十一日朱由检尸体被发现，大顺军将朱由检与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。”，梓宫暂厝在紫禁城北面的河边，当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。
得知皇帝死后，自杀官员有户部尚书倪元璐、工部尚书范景文、左都御史李邦华、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌义渠、太常寺卿吴麟征、左中允刘理顺、刑部右侍郎孟兆祥等，驸马都尉巩永固全家自杀， 太监自杀者以百计，战死在千人以上。宫女自杀者三百余人。绅生生员等七百多家举家自杀。
李自成入住紫禁城，封宫女窦美仪为妃。大顺军入北京之初，李自成下令：“敢有伤人及掠人财物妇女者杀无赦！”有两名大顺军士卒掠夺缎铺，被立剐于棋盘街，民间大喜，安堵如故，已然接受了大顺取代大明的转变。
与此同时，山海关总兵吴三桂的兵马抵达玉田，得知朝廷惊变，吴三桂也是慌了，犹如无主的孤魂一般，不知所措，不知道是该进还是先退，而入主北京城后的李自成面对吴三桂这一支辽东精锐，也是尽情的施放善意，派人前往招降吴三桂，李自成先去担忧的各地勤王的兵马，却几近于无，除了吴三桂之外，李自成尚没有得到别的消息，山东总兵刘泽清在大顺军临近山东之际，就率军南逃了，大顺军在短短的时日，就占据了山东全境，至此，陕西、河北、河南、山东、山西、湖广北部全部插上了大顺军的旗帜。